Η βασικότερη αιτία πίσω από αυτή την υπολειτουργία είναι η θυρεοειδίτιδα Hashimoto, η οποία αποτελεί ένα κλασικό αυτοάνοσο νόσημα. Στην περίπτωση αυτή, το ανοσοποιητικό σύστημα υφίσταται μια μορφή «μπερδέματος» και αναγνωρίζει λανθασμένα τους ιστούς του ίδιου του οργανισμού ως ξένους εισβολείς, όπως ιούς ή βακτήρια, ξεκινώντας μια διαδικασία σταδιακής καταστροφής τους. Η θυρεοειδίτιδα Hashimoto κατέχει τα πρωτεία ως το πιο συχνό αυτοάνοσο νόσημα στο ανθρώπινο σώμα, εμφανίζοντας παράλληλα μια εξαιρετικά ισχυρή κληρονομική προδιάθεση.