Η εκτοΐνη ανακαλύφθηκε τη δεκαετία του 1980 όταν επιστήμονες στη Γερμανία μελετούσαν μικροοργανισμούς που επιβιώνουν σε εξαιρετικά δύσκολες συνθήκες, όπως σε αλυκές και ερήμους με έντονη θερμότητα, UV ακτινοβολία και αλατότητα.